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我校动科院师生共同完成的科研论文“基于全基因组捕获测序
策略设计绒山羊66K SNP芯片”发表于《Scientific Reports》


添加时间:2017-09-18 15:17:51 来源:动科院 通讯员:胡晓燕 浏览次数:

  近日,由我校动物科学学院博士研究生乔贤,教师苏蕊、王瑞军为共同第一作者,李金泉教授为通讯作者完成的科研论文《Genome-wide Target Enrichment-aided Chip Design: a 66K SNP Chip for Cashmere Goat》(《基于全基因组捕获测序策略设计绒山羊66KSNP芯片》),在Nature(《自然》)旗下的《Scientific Reports》(《科学报告》)期刊发表。
  该研究成果是我国首款自主设计并成功应用的山羊SNP芯片,用于芯片设计的数据均来源于课题组及相关合作课题组前期完成的大规模山羊及野羊基因组重测序数据。研究利用73只山羊的全基因组测序数据,设计出“叠瓦式”探针,在均匀覆盖各条染色体的全基因组范围内进行目标区域捕获测序。此外,研究还利用此芯片对436只绒山羊进行了羊绒细度全基因组关联分析,筛选得到AKT1、ALX4等与细度相关的重要候选基因及MAPK&Notch、TGF&Shh等重要信号通路,为后续深入研究细度性状的遗传标记提供了理论基础。研究表明,66K SNP芯片可以作为未来山羊(绒山羊)基因组相关分析的有效工具,基于SHS的目标捕获策略来设计动物SNP芯片为其它物种芯片设计提供了新的思路。未来可以期望通过该芯片的应用,有效推动基因组辅助育种工作的进行。
  该研究由我校农业部肉羊遗传育种重点实验室、自治区动物遗传育种与繁殖重点实验室、自治区山羊遗传育种工程技术研究中心,以及我校动物科学学院李金泉教授研究团队联合中国科学院昆明动物研究所、华大基因研究院共同完成。研究经费主要由李金泉教授主持的国家高技术研究发展计划“863”计划(2013AA102506)、国家绒毛用羊现代农业产业技术体系(CARS-40-05)等项目资助。
  据了解,《Scientific Reports》是Nature出版集团于2011年新创刊的综合性期刊,涵盖自然科学的所有领域,是Nature目前主推的开放存取(Open Access,OA)的期刊,2016年该期刊影响因子为4.259。
  论文链接:https://www.nature.com/articles/s41598-017-09285-z 

探针设计示意图
羊绒细度性状全基因组关联分析结果麦哈顿图

 

[责任编辑:彭静]


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