我校教师为第一作者的双峰驼遗传多样性和起源进化研究获最新成果

在国际顶级期刊Nature旗下《Communications Biology》在线发表

　　近期，国际顶级期刊Nature旗下《Communications Biology》在线发表了我校食品科学与工程学院骆驼团队的明亮、伊丽等为并列第一作者的最新研究成果，研究成果从基因组层面揭示了双峰驼遗传多样性和起源进化史。中国科学院上海生命科学研究院李亦学研究员、我校食品科学与工程学院吉日木图教授等为通讯作者。
　　近年来，项目组对东起蒙古高原，西至里海地区典型的家养双峰驼栖息地的各种品系进行了采样，收集了蒙古戈壁阿勒泰地区濒临灭绝的野生双峰驼样本，以及伊朗地区的家养单峰驼样本。项目组共收集到了128份不同群体的骆驼样本，构建了目前最全面的骆驼样本库。为进一步揭示不同骆驼群体间的基因交流历史，项目组又对这些样本展开了全基因组测序，从遗传学角度揭示双峰驼的迁徙路线。
　　该研究发现，单峰驼群体的基因组遗传多样性最高，野生双峰驼群体基因组遗传多样性最小，这可能与现存野生双峰驼栖息地不断缩小、种群数量急剧减少有关。通过计算两两群体之间Fst值发现，单峰驼与家养双峰驼群体之间存在最高的遗传距离，不同地域之间的家养双峰驼之间存在较小的遗传分化；然而有趣的是，在家养双峰驼群体间，伊朗双峰驼与其他双峰驼群体存在最高的遗传距离。MDS、Admixture和TreeMix的结果表明单峰驼和中亚的家养双峰驼群体（哈萨克斯坦、俄罗斯和伊朗地区）之间存在基因交流事件，该基因交流事件也被F3/F4统计支持。
　　为了排除基因交流所带来的影响，研究者通过“BABA/ABBA”统计学方法从双峰驼基因组中去除单峰驼基因组渗入的部分，进一步通过Admixture计算了两两群体之间Fst发现，在所有的家养双峰驼群体中，伊朗双峰驼群体仍显示出了最高的遗传分化（0.04-0.06）。为了证实此结论，研究者采用线粒体全基因组序列构建了最大似然树，来自伊朗地区的两个mtDNA序列形成了最基础的分支。再一次支持了家养双峰驼中亚起源的事件。
　　另外，通过G-PhoCS对单峰驼和双峰驼群体进行了群体历史分析，发现家养双峰驼和野生双峰驼分离时间发生在43万年前（95%，置信区间：13-73万年），晚于线粒体基因组研究的结果；在家养双峰驼群体中，大约在4450年前（95%，置信区间：70-17600年）伊朗双峰驼最先分离出来，说明伊朗是家养双峰驼的驯化之地，而后大约2400年前（95%，置信区间：10-78400年），双峰驼向东路线到达蒙古高原，形成了表型特征各异的不同品种或类型。

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